Coronavirus : la chauve souris, coupable idéal

La pandémie du Covid-19 risque de stigmatiser la chauve-souris ou de faire ressurgir de vieilles peurs ancrées dans les esprits depuis des siècles. Voici des éléments pour contrecarrer la désinformation et pour diffuser autour de vous la réhabilitation de petit chiroptère discret et craintif.

La chauve-souris au banc des accusés
Je ne retiendrai qu'un exemple : au Pérou le 25 mars, des paysans s'apprêtaient à brûler deux cents chauves-souris, les rendant responsables de la pandémie. Elles ont été sauvées in extremis par des agents du Serfor, le service péruvien des forêts et de la faune sauvage, et relâchées loin des habitations. Les autorités ont demandé à la population de ne pas tuer les chauves-souris : "Il ne faut pas déformer la réalité en raison de la pandémie. Les chauves-souris ne sont pas nos ennemies." Et de rappeler le rôle bénéfique des chiroptères sur la régulation des insectes, pour la santé et l'agriculture.
Plus généralement, le pilonnage multi-quotidien par les titres de presse provoque un effet accusateur alors que la chauve-souris fuit les contacts avec l'Homme : "responsables", "coupables", "les chauves-souris propagent les épidémies"...

Chauve-souris, souche à virus… jolie anagramme 
On le sait depuis longtemps, la chauve-souris héberge de nombreux virus : bien avant le Covid-19, on a connu le Sras-Cov en 2003, le MERS en 2012, le virus Ebola, le virus Nipah, le virus de Marburg, le virus Hendra en 2014, et encore bien avant, la rage. Ces virus de triste mémoire ont fait des milliers de morts ces dernières années. Avec soixante virus détectés, la chauve-souris constitue, sans être malade, un réservoir extraordinaire de virus susceptibles de se transmettre à l'Homme, beaucoup plus que les autres espèces animales.
Mais pourquoi autant de virus, et des plus virulents ? Ce serait grâce à un système immunitaire unique, différent de celui des autres mammifères, et redoutablement efficace, qui protège la chauve-souris des effets délétères des virus qu'elle héberge. Cette protection serait liée à un métabolisme particulièrement actif nécessaire à sa capacité au vol : les chiroptères sont les seuls mammifères capables de voler activement. En vol, leur métabolisme est deux fois plus performant que celui d'un rongeur en train de courir. 
Outre la réponse antivirale, selon Cara Brooke (voir Sources), les chauves-souris développent aussi une réponse anti-inflammatoire qui équilibre l'effort immunitaire. Si nous, humains, tentions cette stratégie antivirale, notre système immunitaire déclencherait une inflammation généralisée.
Cette même étude signale par ailleurs que le fait de perturber l'habitat des chauves-souris semble stresser les animaux et les fait se débarrasser encore plus des virus dans leur salive, leur urine et leurs excréments, susceptibles d'infecter d'autres animaux.

La chaîne de transmission du virus
Car une autre particularité de la chauve-souris est de contaminer de nombreux mammifères en parcourant de grandes distances et en répandant ses excréments sur des fruits. Des espèces frugivores comme le singe et le pangolin consomment ces fruits et servent d'hôte intermédiaire avant son passage à l'humain. Et c'est bien là l'erreur : selon l'IRD (voir Sources), "c'est le fait de chasser et de les rassembler dans un marché qui constitue la seule explication d'un passage de la chauve-souris au pangolin, puis du pangolin aux humains."
La chauve-souris n'a pas naturellement de raison de rencontrer l'Homme. Mais la perturbation et la réduction de l'habitat des animaux crée une promiscuité nouvelle avec les humains, la chasse et le braconnage des espèces sauvages brise la barrière de la sécurité alimentaire. De plus, les déplacements des hommes, des marchandises et des animaux vivants ou morts accélèrent l'émergence de nouveaux virus par une recombinaison entre les virus de plusieurs espèces. Et pour corser le tout, la grande famille des coronavirus est extrêmement mutagène. C'est précisément le cas du nouveau coronavirus, le SARS-Cov-2 responsable de la pandémie en cours, car les analyses génétiques suggèrent qu'il est issu de la combinaison entre deux virus, l'un proche de celui de la chauve-souris et un autre proche de celui du pangolin.

Les bienfaits de la chauve-souris pour l'humanité
Les chiroptères contribuent activement au fonctionnement des écosystèmes.
Dans les zones tropicales, ce sont les Mégachiroptères, grandes chauves-souris frugivores, qui sont présentes. Elles contribuent à la pollinisation et à la régénération des plantes sauvages et cultivées (manguiers, goyaviers, anacardiers, durians, agaves…). Elles participent à la dissémination des graines dans des milieux divers : forêts tropicales humides, déserts, milieux insulaires.
Les Microchiroptères, "nos" chauves-souris, sont insectivores. Leur alimentation est  primordiale dans la régulation des insectes, dont les moustiques et certains ravageurs des cultures. Elles jouent un rôle dans les méthodes de culture qui tendent à réduire l'usage des pesticides. 
Les chauves-souris sont aussi productrices de guano, utilisé comme engrais réputé dans les pays du sud.

Les chauves-souris,
à protéger d'urgence !
Ces bénéfices pour l'humanité devraient  conduire l'homme à les protéger. Or c'est le contraire qui se produit : de nombreuses espèces de chiroptères sont en dramatique régression dans presque toutes les régions du monde. La liste des agressions humaines de tous pays contre les chauves-souris est longue : 
- En Chine, c'est l'usage extensif des pesticides, la déforestation, l'urbanisation et la consommation alimentaire directe ;
- En Amérique du Nord, c'est la maladie du nez-blanc, causée par un champignon filamenteux d'origine européenne, introduit par les activités humaines, maladie qui est en progression et qui décime les populations ; Jean-François Silvain (voir Sources) note ironiquement à propos de cette maladie importée : "L'Homme est très attentif aux risques d'être la cible involontaire de pathogènes issus des autres composants de la biodiversité, mais il doit être tout autant attentif à ne pas servir d'agent de dissémination de maladies susceptibles de décimer des groupes taxonomiques entiers à l'échelle de la planète" ;
- En France métropolitaine, les populations de chauves-souris sont en forte régression, régression parallèle à celle ses oiseaux (-38 % en dix ans) ; certaines espèces comme le petit rhinolophe (Rhinolophus hipposideros) ont connu un déclin massif à la fin du XXe siècle ;
- Sur l'ensemble de l'Europe, 25 % des espèces sont menacées ;
etc.
La combinaison de plusieurs facteurs peut expliquer le déclin des chauves-souris : la réduction des populations d'insectes, et donc des ressources alimentaires, la compétition entre les espèces pour ces mêmes ressources, les pollutions multiples dont la pollution lumineuse, le changement de structures paysagères, les infrastructures routières ou éoliennes, la perte d'habitat, la réduction des espaces de reproduction…
Il est encore temps d'agir, puisque les sciences participatives dans certains pays comme la France ou la Grande-Bretagne commencent à produire  leurs effets en ce début de XXIe siècle.

En résumé, selon la Fondation pour la recherche sur la biodiversité,
"Les chauves-souris ne sont pas seulement des réservoirs de virus potentiellement pathogènes pour l’Homme, réservoirs qui ne deviennent sources d’infection que si l’Homme manipule ces animaux. Elles sont d’abord des composantes essentielles du fonctionnement des écosystèmes terrestres et, ce faisant, l’Homme retire de leur présence des services multiples et importants, notamment en matière de régulation des populations d’insectes vecteurs ou ravageurs des cultures, sans parler de leur rôle parfois essentiel dans les processus de pollinisation et de régénération végétale.
Des réglementations contraignantes et des efforts d’éducation peuvent réduire les contacts entre les populations humaines et les populations de chiroptères afin de réduire les risques de développement de zoonoses dans la région intertropicale notamment. Plus généralement, le regard des populations humaines sur ce groupe original de mammifères doit changer radicalement et des efforts significatifs doivent être entrepris pour limiter les impacts négatifs des activités humaines sur ces animaux qui ont été et seront encore des sources d’inspiration pour l’Humanité."

Sources, informations complémentaires

La tribune de seize dirigeants d'organismes scientifiques au Monde du 4 avril 2020 : "La pandémie de Covid-19 est étroitement liée à la question de l'environnement" (site de l'IRD, Institut de Recherche pour le Développement France)
Un article du 21 avril 2020 et une vidéo sur Futura Planète : Pourquoi les chauves-souris transmettent-elles autant de virus ?
Un article du 24 avril 2020 sur Futura Planète : D'étranges chauves-souris porteuses de coronavirus, une étude sur les chauves-souris à nez de feuille
Un article du 26 mars 2020 dans Le Progrès : Rendues responsables de l'épidémies, les chauves-souris menacées

Un article du 24 février 2020 sur le site de la FRB (Fondation sur la recherche pour la biodiversité), Ne tirez pas sur les chauves-souris, par Jean-François Silvain
Le résumé d'une étude de Cara Brookes dans Berkeley News, Coronavirus outbreak raises question : Why are bat viruses so deadly ?
Les résultats 2015 du programme Vigie-Chiro du Muséum National d'Histoire Naturelle

Voir aussi dans ce blog, pour protéger les chauves-souris, Mystérieuse chauve-souris et, pour mieux les connaître, une visite au Muséum d'histoire naturelle de Bourges